Le collagène marin, extrait de poissons et fruits de mer, principalement de type I avec un peu de type II, est mieux absorbé par le corps grâce à sa taille moléculaire plus petite. Il est excellent pour la peau, les cheveux, les ongles et la santé des articulations, et peut également aider à réduire l'inflammation. De plus, il a généralement un goût et une odeur moins prononcés que le collagène bovin et présente moins de risques allergiques, sauf pour les personnes allergiques aux fruits de mer.
Le collagène marin est souvent considéré comme plus durable et écologique. En revanche, le collagène bovin, extrait de bovins (peau, os, cartilages) et principalement de types I et III, est bien absorbé mais avec des molécules plus grandes. Il est bénéfique pour la santé des os et des articulations, soutient la santé digestive et peut aider à renforcer les muscles, bien que son goût et son odeur soient plus prononcés. Le collagène bovin doit être évité par les personnes allergiques au bœuf.